În cadrul Spitalului Clinic Colentina funcţionează secţii, compartimente, cabinete, servicii şi laboratoare repartizate în următoarele pavilioane:

În pavilionul Dermatologie funcţionează:
        alergologie şi imunologie (compartimentul de alergologie şi imunologie clinică)
        boli parazitare (secţia de boli parazitare "parazitologie")
        dermato-venerologie (secţia 1 de dermatologie)
        dermato-venerologie (secţia 2 de dermatologie)
        hematologie (secţia de hematologie - oncologie)
        medicină internă (secţia 2 de medicină internă)
        medicină internă (secţia 3 de medicină internă)
        recuperare medicală (secţia de recuperare medicală)
        reumatologie (secţia de reumatologie)
        "BIOCARE"  (centrul de excelenţă pentru tratamentul afecţiunilor: "poliartrită reumatoidă şi   _____artropatie psoriazică")
        radioterapie (serviciul de radioterapie)
        anatomie patologică (serviciul de anatomie patologică)
        blocul operator (blocul operator dermatologic)
        laboratorul de neuroştiinţe (neuropatologie - cercetare)
        medicină nucleară (compartiment de medicină nucleară)
        epidemiologie (compartiment epidemiologic)

În pavilionul Chirurgie funcţionează:
        chirurgie (secţia 1 clinică de chirurgie generală)
        chirurgie (secţia 2 de chirurgie generală)
        chirurgie plastică (compartimentul de chirurgie plastică şi reparatorie)
        (A.T.I.) (secţia 2 de anestezie şi terapie intensivă)
        blocul operator (blocul operator chirurgical)

În pavilionul Medicala A funcţionează:
        cardiologie (secţia de cardiologie)
        diabet şi nutriţie (secţia de diabet & nutriţie şi boli metabolice)
        gastroeterologie (secţia de gastroenterologie)
        medicină internă (secţia 1 de medicină internă)
        endoscopie-gastroenterologie (compartimentul de endoscopie-gastroenterologie)
        endoscopie-chirurgie (compartimentul de endoscopie-chirurgie)
        coronarieni (compartimentul de coronarieni - cardiologie)

În pavilionul Neurologie funcţionează:
        neurologie (secţia 1 de neurologie)
        neurologie (secţia 2 de neurologie)
        neurologie (secţia 3 de neurologie)
        neurologie (A.T.I.) (compartimentul de neurologie terapie intensivă)
 

În pavilionul Ortopedie şi Traumatologie funcţionează:
        ortopedie (secţia 1 de ortopedie şi traumatologie)
        ortopedie (secţia 2 de ortopedie şi traumatologie)
        artroscopie (compartimentul de artroscopie)
        bancă de ţesuturi (compartimentul bancă de ţesut "os-tendon")
        (A.T.I.) (secţia 1 de anestezie şi terapie intensivă)
        blocul operator (blocul operator ortopedic)
        camera de gardă (telefoane de contact - ortopedie gardă)

În pavilionul Boli Profesionale funcţionează:
        medicina muncii (secţia de medicina muncii "boli profesionale")
        farmacia (informaţii despre farmacia cu circuit închis a spitalului)
        departamentul de informatică

În pavilionul Camera de Gardă funcţionează:
        camera de gardă chirurgie
        camera de gardă neurologie
        camera de gardă medicina internă
        camera de gardă dermatologie
        camera de gardă medicina muncii
        recepţie (telefoane de contact - camera de gardă)

În pavilionul Policlinică funcţionează:
        ambulatoriu (cabinetele de specialitate ale ambulatoriului)
        T.E.S.A. (conducerea spitalului, biroul de achiziţii electronice, serviciul financiar contabil, biroul de _____statistică, serviciul R.U.N.O.S., biroul de audit, biroul tehnic şi biroul juridic)

În pavilionul T.E.S.A. funcţionează:
        T.E.S.A. (asistenţa socială şi biroul de inventare)

Laboratoare de analize medicale:
        Laborator de alergologie şi imunologie
        Laborator de bronhoscopie
        Laborator de analize medicale
        Laborator de E.K.G.
        Laborator de electoparaziţi
        Laborator de endoscopie
        Laborator de explorări funcţionale
        Laborator de radiologie
        Laborator de radioterapie
        Laborator de recuperare, medicină fizică şi balneologie